Antes de se tornar um dos melhores jogadores do futebol mundial, Neymar iniciou sua trajetória em uma das principais vitrines do país: a Copa São Paulo de Futebol Jr. Formado no Santos, o atacante estreou na competição em janeiro de 2008, com apenas 15 anos, e participou de duas edições do torneio.
Na Copinha de 2008, Neymar fez sua primeira partida no dia 10 de janeiro. Com a camisa 21, entrou no segundo tempo do jogo contra o Barra do Garças (MT), pela fase de grupos, substituindo Paulo Henrique Ganso. Mesmo com poucos minutos em campo, distribuiu duas assistências na vitória por 5 a 1. O Santos avançou até as quartas de final, quando acabou eliminado pelo Internacional nos pênaltis.
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Em 2009, o atacante voltou à Copinha já como titular da equipe sub-20. O Santos passou sem dificuldades pela fase de grupos, superando América (SP), União (MT) e Cene (MS). Neymar marcou na estreia, na goleada por 4 a 0 sobre o Cene, e voltou a decidir na segunda fase, com dois gols na vitória por 4 a 0 diante do Guarani.
A campanha terminou nas oitavas de final, com derrota por 2 a 1 para o Cruzeiro. O gol santista saiu após pênalti sofrido por Neymar e convertido por Serginho. Aquela foi a última competição de base disputada pelo atacante.
Pouco tempo depois, no dia 7 de março de 2009, Neymar estreou no time profissional do Santos, contra o Oeste, pelo Campeonato Paulista. Na mesma temporada, o clube ficou com o vice estadual, e o atacante recebeu o prêmio de revelação do campeonato.